Situada em frente ao Arco da Vila que dá acesso ao centro histórico amuralhado, a Igreja da Misericórdia sobreviveu em parte ao terramoto de 1755 que destruiu muito de Faro e do Algarve. A decoração do interior é da reconstrução de finais do século XVIII, mas o pórtico manuelino é da construção original.
Este é um dos vários edifícios de Faro onde as cegonhas gostam de construir os seus ninhos. O interior alberga um pequeno museu de arte sacra, que inclui mobiliário, paramentos, esculturas e retábulos dos séculos XVII a XX. Abre apenas nas manhãs dos dias úteis. O resto do edifício, que incluía um hospital, encontra-se fechado ao público.
No exterior, uma arcada à esquerda da fachada apresenta um grande painel de azulejos comemorativo da passagem de Cristóvão Colombo por Faro em 1493, após uma paragem em Lisboa no seu regresso do “Novo Mundo”. Inscrições em português e inglês nos azulejos recordam as diferentes viagens do navegador até à sua morte em 1506.